Vào những năm 20 của thế kỷ XIX, khi nhà Nguyễn thiết lập cơ cấu hành chính và hệ thống đồn ải để quản lý, kiểm soát dân cư, lãnh thổ cùng với những người Việt đầu tiên, mà trước hết là những binh lính đồn trú và gia đình họ đặt chân lên vùng đất này. Nhà Nguyễn đã thiết lập hệ thống cai trị ở đây với hai tổng thuộc phủ Bình Dương, tỉnh Gia Định: tổng Hưng Phước và tổng Phước Long. Phần lớn địa bàn Bù Đốp hiện nay nằm trong tổng Hưng Phước, phủ Bình Dương, tỉnh Gia Định.
Đầu thế kỷ XX, sau thời gian thăm dò khảo sát vùng đất biên giới, thực dân Pháp chính thức thiết lập bộ máy cai trị ở đây với sự ra đời của đồn binh Bù Đốp (năm 1906). Lúc này, Bù Đốp thuộc phủ Phước Long, tỉnh Biên Hòa.
Năm 1912, thực dân Pháp cho tách một phần đất của tỉnh Gia Định và Biên Hòa để thành lập tỉnh Thủ Dầu Một, với diện tích 250.000ha, dân số 108.000 người. Bù Đốp lúc đó là tổng Phước Lễ, thuộc huyện Cần Lê, tỉnh Thủ Dầu Một.
Từ năm 1927, bộ máy cai trị quân sự dần dần được thực dân Pháp thay bằng bộ máy dân sự do các chủ đồn điền quản lý. Đơn vị hành chính cấp tổng, cùng với các đại lý hành chính và đồn binh vì thế cũng được thay bằng xã và quận. Bù Đốp trở thành một quận của tỉnh Thủ Dầu Một; trong đó, Lộc Ninh là một xã của quận Bù Đốp. Cơ cấu hành chính này được giữ nguyên cho đến năm 1954.
Về phía cách mạng, sau khi tiến hành khởi nghĩa giành chính quyền tháng tám năm 1945, đã thành lập hệ thống tổ chức hành chính riêng. Bù đốp là một quận của Tỉnh Thủ Dầu Một và sau là Tỉnh Thủ Biên. Địa giới hành chính này trùng hợp với địa giới hành chính của chính quyền thực dân và tồn tại đến khi kết thúc cuộc kháng chiến chống Pháp (1945 – 1954).
Sau hiệp định Giơnèvơ, chính quyền Ngô Đình Diệm thiết lập nền hành chính mới ở miền nam Việt nam. Ngày 10/10/1957 chúng cho tách quận Bù Đốp ra khỏi tỉnh Thủ Dầu Một để lập tỉnh Phước Long, gồm 3 quận Phước Bình, Bù Đốp, Phước Hòa - tỉnh lỵ đặt tại Phước Bình. Năm 1961, quận Bù Đốp đổi thành quận Bố Đức cơ cấu hành chính này giữ cho đến ngày giải phóng Bù Đốp (07/4/1972).
Từ năm 1972 – 1975 theo hệ thống hành chính của chính quyền cách mạng, tỉnh Phước Long hợp nhất với tỉnh Bình Long thành tỉnh Bình Phước. Bù Đốp (Bố Đức) là một quận của tỉnh Phước Long, sau đó là tỉnh Bình Phước.
Sau ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng (1975), tỉnh Bình Phước lại được sát nhập cùng tỉnh Thủ Dầu Một thành tỉnh Bình Thủ. Bù Đốp trở thành một huyện của tỉnh Bình Thủ.
Ngày 02/7/1976 tỉnh Sông Bé được thành lập trên cơ sở các tỉnh Thủ Dầu Một và tỉnh Bình Phước trước đây (tức tỉnh Bình Thủ) cùng 3 xã An Bình, Đông Hòa, Bình An. Quyết định số 55/QĐ-CP, ngày 11/3/1977 của Hội đồng Chính phủ đã hợp nhất các huyện Bù Đốp, Phước Bình, Bù Đăng thành huyện Phước Long thuộc tỉnh Sông Bé.
Tháng 3/1978, Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam Quyết định tách Lộc Ninh ra khỏi huyện Bình Long và Bù Đốp ra khỏi huyện Phước Long để thành lập huyện Lộc Ninh (bao gồm cả Lộc Ninh và Bù Đốp), diện tích tự nhiên 124.046 ha và dân số 43.500 người.
Đầu năm 2003, Chính phủ Nước cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt nam ban hành Nghị định số 17/2003/NĐ-CP ngày 20/02/2003 thành lập huyện Bù Đốp thuộc tỉnh Bình Phước gồm 5 đơn vị hành chính xã là: Hưng Phước, Thiện Hưng, Thanh Hòa, Tân Tiến, Tân Thành và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 01/5/2003 đến nay.
Ngày 16/5/2005 Chính phủ ban hành Nghị định số 60/NĐ-CP thành lập Thị trấn Thanh Bình và thành lập xã mới là xã Phước Thiện từ một số ấp của xã Hưng Phước. Như vậy, huyện Bù đốp hiện có 06 xã và 01 thị trấn. Tổng diện tích tự nhiên 37.926 ha, dân số trên 54 ngàn người, trong đó đồng bào dân tộc chiếm 17,9%.
Trải qua hàng trăm năm lịch sử, từ một vùng đất hoang vu với rừng rậm bạt ngàn và thú dữ, đến nay Bù Đốp đã có nhiều sự thay đổi cả diện mạo và hành chính. Bù Đốp trở thành huyện biên giới của tỉnh Bình Phước đang trên đà phát triển về kinh tế - xã hội, có vị trí quan trọng đối với an ninh quốc phòng của miền Đông Nam bộ cũng như các tỉnh phía Nam và cả nước.
Ban Tuyên giáo Huyện ủy